
En 2000, una segunda adaptación a anime titulada Yu-Gi-Oh! Duel Monsters fue producida por Studio Gallop y distribuida por la cadena de televisión TV Tokyo; esta segunda adaptación consiguió más recepción y popularidad a diferencia de la anterior, llegando a ser traducida a más de veinte idiomas y vendido en más de sesenta países, versión que fue editada en occidente por 4Kids. Finalizó el 29 de septiembre de 2004 con doscientos veinticuatro episodios.7 Una versión remasterizada destacando ciertos Duelos comenzó a emitirse en Japón en febrero de 2015.
La obra trata sobre la historia de un joven llamado Yūgi Mutō, el cual es un Duelista aficionado que porta el «Puzzle Milenario» o «Rompecabezas del Milenio», uno de los siete Objetos Milenarios que se lo había regalado su abuelo. Además, existe un juego de cartas llamadas «Duelo de Monstruos», el cual tiene más preponderancia conforme avanza la historia.
Argumento
Yugi Muto, un estudiante normal de secundaria, tenía como única amiga a Anzu. Yūgi había recibido por parte de su abuelo Sugoroku Motō un antiguo artefacto egipcio conocido como el Rompecabezas del Milenio/Puzzle Milenario, uno de los siete Objetos Milenarios,8 que había encontrado en una de sus expediciones arqueológicas.

Una vez que lo había armado tiene como fieles amigos a Jōnouchi y Hiroto. Luego Yūgi es poseído por otra personalidad, que más tarde se descubre que es un espíritu de más de cinco mil años de edad, al cual conocen por el nombre de Yami.8 (¿Se recupera Yugi ?). La historia continuará mientras que Yūgi y sus amigos se enfrentan a varios contrincantes,9 para tratar de encontrar las cartas de los Dioses Egipcios, ya que por medio de estas se podrán recuperar los recuerdos perdidos del faraón Atem (la verdadera identidad de Yami) a través de los Duelos de Monstruos que se reflejan en los Juegos de las Sombras (pese a que este concepto no estaba presente del todo en la versión original).